为实现对药品的生产、流通、库存等领域实时监控。药品电子监管码系统分为生产企业、经营企业、监管部门三个分支、在中国药品电子监管网平台上统一运行。整个系统围绕监管码的企业申请、系统核发、监管码导入、产品包装盒赋码、监管码关联、企业入库、企业出库、数据上传、商业入库、商业出库、消费查询、监管追溯等过程完成监管码运行的整个流程，见下图。
在药品电子监管码系统运行过程中，中国药品电子监管网和生产企业赋码系统是最为关键的。药品电子监管网是一个统一的、覆盖全国的药品监管系统，其可实现：
1.药品从生产出厂、流通、储存直至配送给医疗机构全过程都能在药品监管部门的监控之下；
2.实时查询每一盒、每一箱、每一批药品生产、经营、库存以及流向情况，遇有问题可以迅速追溯和召回；
3.各企业超资质生产和经营预警，药品销售数量异常预警，药品发货与收货数量和品种核实预警，及时发现药品是否流失；
4.药品监管人员可以通过上网或手机便利地在现场适时稽查；
5.消费者可以通过网站、短信、电话对监管码进行终端查询。可以获得生产日期、生产批号、有效期等有效信息，进行药品真伪的查询。
生产企业监管码赋码系统是一种柔性平台，可根据企业不同品种的不同包装情况进行调整。系统对内与条码扫描器、显示屏、剔废装置、条码打印机等设备通过接口进行联系，通过现场收集数据传送到赋码系统后台，经过后台逻辑处理，将信息反馈给现场指导作业人员如何进行下一步作业；对外则通过专用接口与中国药品电子监管网对接，进行监管码的导入，并将关联好的监管码文件上传至中国药品电子监管网。